Het pijporgel behoort, met de wind- en de watermolen, tot de vroegste, nog bestaande voorbeelden van mechanische overbrenging in Europa. Het oudst bewaard gebleven orgel in Nederland dateert uit 1479 en werd gebouwd voor de Nicolaikerk in Utrecht. De kas ervan hangt op het moment in de Abdij- of Koorkerk in Middelburg. Sinds de 16de eeuw is het Nederlandse orgel een belangrijk exportproduct. Het is onder meer te vinden in Duitsland, Portugal, Brazilië, Denemarken, Noorwegen, Japan en Zuid-Korea.

Het is dan ook terecht dat in 1977 de toenmalige hoofdorganist van de Grote- of Sint Nicolaaskerk te Elburg, Maarten Seijbel (1939), een orgelmuseum oprichtte.

Na tijdelijk onderdak in Museum Elburg bracht de voortdurende uitbreiding van de collectie de verhuizing met zich mee naar een locatie in de Rozemarijnsteeg in het middeleeuwse centrum. Hier zetelde het museum enkele tientallen jaren, tot het uit zijn voegen barstte. In 2011 kwam een fusie tot stand met de Stichting Het Gelders Huisorgel, die een onderkomen zocht voor het Leeflangorgel van architect Gert Boon uit Hoog Buurlo. Mede dankzij zijn nalatenschap kon het museum zich in 2013 vestigen in het Elburgse stadskasteel uit 1394, het ‘Arent thoe Boecophuis’. Dit voormalige stadhuis werd ingericht naar ontwerp van huisstijladviseur Dirk Pieter Terpstra en adviezen van Eelco Elzenga, voormalig conservator en adjunct-directeur van paleis Het Loo. De Apeldoornse architect Ronald Plug verbouwde het pakhuis op de binnenplaats tot een passende behuizing voor het Boon-Leeflangorgel met zijn moderne kas.